«Мадонна со щеглом» предназначалась в качестве свадебного подарка Рафаэля своему приятелю Лоренцо Нази. 17 ноября 1548 года дом Нази был разрушен в результате землетрясения, и картина оказалась разломанной на 18 частей. Вскоре их соединили вместе, но швы между частями оставались отчётливо видны.
В 2002 году началась реставрация картины под руководством Патризии Ритано, команда которой в течении 6 лет очищала поверхность картины от загрязнения и устраняла последствия её разрушения. Исследователям удалось идентифицировать и удалить все слои реставрационных работ прошлых веков, вернув картине первоначальный облик. В 2008 году она была возвращена на своё место в галерею
Уффици, где всё это время её заменяла старинная копия.