Храм возводился в период с 1682 - 1688 гг. Средства на строительство брали из казны Софийского собора, но, что интересно, в 1686 году по указу Петра и Иоанна Алексеевичей деньги из казны были взяты на военные расходы. И только через влияние духовного отца государей, Меркурия Гавриловича, деньги на собор были снова выделены уже из государственной казны.
В строительстве храма участвовали новгородские мастера и мастера из других городов России. Один из поставщиков кирпича, например, был из Балахны (Нижегородская область) - крупного центра кирпичного производства. Стилистическое сходство собора и колокольни с ярославскими и костромскими постройками позволяют предполагать участие в каменных работах мастеров из Поволжья. Слева на фото церковь Ильи Пророка в Ярославле, справа колокольня Знаменского собора.